Nella grande maggioranza dei sistemi di messaging, lo scambio dei messaggi tra gli utenti avviene in chiaro (cioè senza criptazione dei dati): un potenziale aggressore capace di interrogare la comunicazione in corso può quindi essere in grado di leggerne il contenuto. Sono sufficienti dei software di attacco il cui utilizzo non richiede una estesa conoscenza della tecnologia di rete.In assenza di criptazione e altri sistemi di sicurezza, anche i file che possono essere scambiati tra utenti di servizi di messaging di questo tipo, o le comunicazioni audio e video che possono avvenire con questi media, sono tutti potenzialmente intercettabili dall'esterno. La diffusione dell'Instant Messaging ha spinto molti creatori di codici malevoli ad utilizzare questo media per diffondere virus e worm. Anche per questo e' sempre necessario mantenere aggiornato e attivo l'antivirus sul proprio computer.

Quando un aggressore riesce ad impadronirsi delle password di accesso al sistema di messaging di un utente, (password che raramente sono sufficientemente protette). In questo caso all'utente viene di fatto sottratta la propria registrazione.

Come ogni software Internet anche i sistemi di messaging veloce possono soffrire di buchi di sicurezza che consentano ad aggressori esterni di entrare nel computer dell'utente e persino modificare o cancellare i file presenti. Per ridurre al minimo i rischi e' importante scaricare tutti gli aggiornamenti di sicurezza proposti da chi distribuisce il software di messaging.